男性精子畸形率高由多方面原因造成，所以治療一般也要采取綜合治療，包括養成良好的生活作息習慣、鍛煉身體、增強體質，同時還要服用一些對癥的藥物等。常見影響精子質量的原因有很多，比如生殖道感染、陰囊溫度升高、精索靜脈曲張、內分泌紊亂、先天基因缺陷等，但約60%-75%的患者找不到任何原因，這在醫學上稱為特發性男性不育。雖然大部分患者找不到原因，但也可以憑經驗進行一些治療，多數需要一個療程，約3-6個月的時間。假如治療效果不佳，可考慮人工授精或試管嬰兒。