精子畸形率高，可以由以下幾種原因引起：1、放射檢查：精子畸形率高，最常見于做放射線檢查后的男性，男性在做放射線檢查后，由于射線對睪丸生精上皮功能直接照射后會產生變異，會導致精子出現畸形率較高的現象；2、長期飲酒和吸煙：由于尼古丁和酒精對睪丸生精上皮有刺激，容易導致睪丸生精上皮細胞發生變性，導致精子畸形率升高；3、生殖道感染：男性發生慢性前列腺炎或精囊炎時，容易導致精子出現畸形率升高的現象；4、隱睪：隱睪的男性由于睪丸位于腹腔內，由于溫度較高，會導致睪丸生成精子過程中，出現精子畸形率升高現象；5、口服棉酚：由于長期吃棉籽油，會導致睪丸生精上皮脫落壞死，會出現生精功能障礙，會出現精子畸形率高和少精癥癥狀。