精子畸形率高的病因包括常見的泌尿生殖道感染、內分泌紊亂、吸煙過度、酗酒，其它原因如化學制劑、輻射、環境污染、服用某些藥物等因素，應采用針對性治療。 若男性因生殖道出現感染而導致精子畸形，應進行抗炎治療，如左氧氟沙星片、阿奇霉素。若男性因內分泌出現異常導致出現畸形精子，應盡量調整自身內分泌功能，如泌乳素高應去排查相關的垂體病變。如果男性因染色體存在異常導致畸形精子，則需明確此問題治療難度與氧化應激損傷，可適當服用維生素，若保守治療難以奏效時應考慮輔助生殖技術，具體以醫生建議為準。