臨床上治療非淋的藥物較廣泛，不同地區對藥物的選擇有一定的差異性，最好是根據藥物藥敏的結果來選擇合理的抗生素治療，建議根據支原體的培養及藥物敏感的試驗來尋求最敏感的藥物治療，足療程口服抗生素，針對性使用敏感藥物，常用的包括多西環素、美滿霉素、阿奇霉素、交沙霉素、紅霉素等。癥狀較明顯的患者，還可適當結合中藥同時治療，以提高轉陰率。具體用藥建議結合臨床，以醫生的面診為準，以免患者自行購藥形成耐藥或掩蓋癥狀導致延誤病情。