對于非淋菌性尿道炎，應首選大環內酯類抗生素，如阿奇霉素、羅紅霉素、克拉霉素、多西環素等。因為非淋菌性尿道炎通常由支原體和沙眼衣原體感染引起，對大環內酯類抗生素比較敏感，治療的效果較好。另外，喹諾酮類抗生素也可以有效治療非淋菌性尿道炎，比如左氧氟沙星、奈諾沙星等。對于反復發作、藥物治療無效的患者，通常會進行分泌物的細菌培養，明確致病微生物對哪種抗生素最敏感，再根據細菌培養的結果，選擇更有效的抗生素。