室間隔缺損的輔助檢查最重要的是心臟超聲。因為心臟超聲目前判斷室缺的位置、大小，以及跟周圍重要結構的關系方面，已經能夠做到非常的明確進行定位，和定性以及定量。其它的檢查如CT檢查，是為了排除有可能與室間隔缺損合并存在的心外畸形。有兩類非常重要的疾病，一類是主動脈縮窄，另外，是氣道問題，如氣管先天性狹窄。只有非常少量的孩子，需要去進行心導管檢查。如有大室缺、大分流造成嚴重的肺高壓，且年齡偏大，如3-4歲以上的患兒，有可能導致肺部梗阻性病變，造成嚴重的不可逆的肺動脈高壓。為了評估是否具備手術指征、評估肺阻力情況，還是要進行心導管檢查。但通過超聲檢查，就可以完成室間隔缺損的診斷，包括室缺大小、位置，明確是否需要手術。