室間隔缺損手術在先心病外科手術治療當中，屬于比較常見的基礎手術。但是，因為在室缺的修補過程中，要有心臟停跳的過程。所以與體外循環相關的風險還是存在的。并不是疾病的診斷歸類為簡單的先心病，手術過程就非常的簡單，手術風險就非常小，這是錯誤概念。無論是進行哪種心內畸形的糾治，只要需要在直視下對心臟內部結構進行修理，首先建立體外循環、心臟停跳。所以，體外循環相關風險是同樣巨大的。另外，在室間隔缺損修補過程中，對鄰近的組織有損傷的風險。膜周室缺，非常重要的結構就是心臟里面的傳導束，是負責從心房的頂端向心室的方向進行電信號的傳導，調控心房、心室跳動的順序。當膜周缺損后下緣在修補過程當中損傷到傳導束，有可能造成完全性房室傳導阻滯。有部分病人要安置終身使用起搏器，對于肺動脈瓣下的室缺，因為鄰近主動脈瓣，所以在修補過程當中也有主動脈瓣損傷，造成主動脈瓣反流的風險。