兒童腦炎的早期癥狀是非特異性的。所謂非特異性即沒有共同的臨床表現，而不同感染源的患者的臨床癥狀，也存在極大的差別。但是，大部分的兒童會表現出上呼吸道感染的癥狀，如發熱、頭痛、嘔吐以及精神萎靡等，嚴重甚至可出現超過24小時的精神狀態的改變、意識水平的下降或局灶性的神經功能的缺陷，嚴重甚至可以發生癲癇。針對免疫功能低下的患者，如老年人、嬰幼兒，需要進行動態的隨診，切莫遺漏中樞神經系統感染的可能。如果在臨床上遇到發熱、頭痛、嘔吐、精神萎靡、反應差等，必須及時到醫院就診。如果出現神經系統的異常體征，如病理征陽性、抽搐、嘔吐等癥狀，要進行腰穿檢查，排除中樞神經系統感染的可能。