兒童腦炎是多種病因引起的顱內急性感染性疾病，經及時診治，大多數腦炎能完全治愈，預后較好。但少部分腦炎患兒可遺留各種神經精神癥狀，稱腦炎后遺癥，具體如下： 1、嬰幼兒化膿性腦膜炎的預后比較嚴重，合理的抗生素治療和支持治療，可降低本病的死亡率。因病原體、患兒年齡、腦脊液中細菌量、治療前驚厥持續時間的不同，有10%-20%的化膿性腦膜炎會有各種神經系統后遺癥，包括智力低下、反復驚厥發作、語言能力延遲、視力受損、聽力障礙、行為異常； 2、病毒性腦炎：病程大多2-3周，多數病毒性腦炎能夠完全恢復，少數臨床病情重、全腦彌漫性病變者可遺留驚厥及視力、聽力、語言、運動、心理行為等殘疾； 3、結核性腦膜炎：預后與治療早晚、患兒年齡、結核分枝桿菌的耐藥性、疾病分型、分期等有關。結核性腦膜炎治療越晚，病死率越高；患兒年齡越小，病死率越高。結核性腦病炎的嚴重后遺癥包括腦積水、肢體癱瘓、智能低下、失明、失語、癲癇及尿崩癥等。