甲狀舌管囊腫術后并發癥主要是感染和復發感染，就是傷口反復愈合不了，不能一期無菌愈合。反復感染通過不斷換藥，局部換藥來刺激新鮮肉芽生長，讓它重新長出新鮮創面。復發就是當甲狀舌管囊腫瘺道，或者舌管沒有完全切干凈的時候，就很容易再復發，需要再次手術，完整的把它切掉，才能防止以后復發。甲狀舌管囊腫感染期不做手術，需要先把這些感染病灶，利用抗生素消炎藥把紅、腫、熱、痛癥狀去掉，等到炎癥消失之后，再進行手術切除。因為感染期時候創面比較大，再一個術后不容易愈合，而且侵犯周圍組織也會比較多。