甲狀舌骨囊腫與鰓裂囊腫均表現為頸部腫塊，區別如下： 1、發病機制不同； 2、腫物位置不同：甲狀舌骨囊腫的腫塊位于頸部正中頜下，可偏上或偏下，但不會偏向兩側。而鰓裂囊腫的腫塊位于頸部的左側或者右側，不在正中位置，診斷時有左、右之分； 3、治療不同：治療鰓裂囊腫或者鰓裂瘺管時，無論腫塊部位，完整切除囊腫或者瘺管即可。而甲狀舌骨囊腫除了切除囊腫、瘺管外，還需要切除舌骨中部囊腫生發的基底。如果將舌骨中部切斷后，可以明顯降低復發的概率。相對而言，甲狀舌骨囊腫手術比鰓裂瘺管手術更加復雜。