扁平疣的最佳祛除方法一般是以外治為主。如果扁平疣出現在手背、手臂上，則可以用冷凍、激光、汽化治療。 如果扁平疣出現在頭面部，則可以謹慎的用0.3%的迪維霜外擦，但是要求避光，即晚上睡覺之前抹藥，白天起床之后一定要清洗掉，因為0.3%的迪維霜有光敏性，有些人在用藥不注意的情況下，會引起光敏反應導致色沉，容易引起更多的不便。 治療扁平疣還可以用調節免疫的方法，比如吃左旋咪唑、打卡提素、干擾素，干擾素局部用在扁平疣上，稍微有點疼痛，但是效果很不錯。這些治療都必須在醫院由正規的醫生來操作，所以建議患者不要私下到小門診或者自己濫用藥物，以免導致皮膚毀損。