首先上氣道咳嗽綜合征可以治療，在經過正規積極的治療以后，癥狀可以完全消失。但是該病繼發于過敏性鼻炎之后，本身過敏性鼻炎，在感染的情況下，很容易導致上氣道咳嗽綜合征。本身過敏性鼻炎很難根治，所以平時在過敏性鼻炎控制好的情況下，盡量避免感染，可以很大程度上的減少上氣道咳嗽綜合征的發生率。平時按過敏性鼻炎進行藥物治療，比如可以長期吸入鼻用激素。在小孩抵抗力下降的時候，可以用增強免疫的藥物，即免疫增強劑。在鼻炎發作的時候，可以用抗組胺藥物、抗過敏藥物，最大限度地降低鼻炎發作的程度。