肺部真菌感染是個不太好治療的疾病，是否能根治取決于以下兩點： 1、病人自身免疫狀態和基礎疾病，如處于長期免疫抑制狀態，如需要服用激素，合并自身免疫性疾病需要使用免疫抑制劑的患者，另外有糖尿病且長期控制不佳的患者，這類患者要治好真菌比較困難。呼吸科常遇到的長期使用抗生素的患者，這類人若不進行抗細菌治療，基礎疾病慢阻肺不會好，經常進行抗細菌治療雖然會消滅細菌，但是會導致真菌出現，所以這部分病人治療比較棘手； 2、真菌感染的嚴重程度及類型。念珠菌感染或者隱球菌感染，尤其是肺部念珠菌和隱球菌感染，經過積極的抗真菌治療大多數人都能治愈。但是曲霉感染治療非常棘手，尤其是比較頑固的曲霉，如毛霉、煙曲霉等。這與曲霉的毒力有關，很多時候抗真菌治療對其不能起到100%徹底殺傷作用，所以曲霉感染想治愈比較困難。