臨床上凡遇到不明原因的發熱、惡液質(惡病質)，或者原因不明的肝脾淋巴結腫大，或者末梢血涂片里出現異常幼稚細胞，或者其它異常細胞，血細胞中的白細胞、血小板、紅細胞不明原因增多、減少等癥狀，多懷疑是造血系統疾病，要做骨髓穿刺檢查。另外，非造血系統疾病，如黑熱病、瘧疾或者轉移瘤，可以通過骨髓穿刺找到特殊性物質以明確診斷，這些病人也需要做骨髓穿刺檢查。另外，造血系統疾病，在診斷和治療過程中，為了觀察治療效果，也需要做骨髓穿刺活檢檢查。