膽道鏡的痛苦相對比較小，因為膽道鏡大部分情況是在手術中應用，而手術一般采用全麻，在整個檢查治療的過程中，病人沒有感覺。但是部分病人術中結石取不凈，或者病情比較復雜的，要放T型管，通過T管取殘余結石。術后做膽道鏡操作時間較短，比全麻中的操作更痛苦一點。總體而言，一般情況下，膽道鏡痛苦相對較小，術中操作中沒有痛苦，術后的膽道鏡操作因為操作時間比較短，一般病人都可以耐受手術。