臨床中不存在有痛腸鏡的分類，腸鏡檢查通常分為普通腸鏡檢查和無痛腸鏡檢查。無痛腸鏡檢查是在全身麻醉下進行，患者全程在睡眠中進行檢查，沒有痛苦。 普通腸鏡檢查是在患者清醒狀態下進行檢查，普通腸鏡檢查痛苦與否，主要取決于患者自身因素、醫生操作水平。因為腸道彎曲，所以腸鏡在進鏡的過程中有一定的操作技巧。腸鏡檢查會存在一些輕微的腹脹，但是通常可以承受。若患者既往有腹部手術史或婦科手術史，周圍的腸道可能會存在粘連。結腸鏡進鏡時會因粘連而引起牽扯，使患者發生不適癥狀，極個別患者存在無法耐受，建議其選擇無痛腸鏡檢查。