輸尿管軟鏡相對不痛苦，只要條件允許，都是在麻醉情況下進行。病人在麻醉睡著放松狀態下，在做的過程中沒有疼痛的感覺。軟鏡對病人尿道、膀胱或者輸尿管造成創傷極小，痛苦比硬鏡更小，清醒以后的痛苦程度取決于病人對疼痛的敏感程度。少數患者敏感程度較高，可能會覺得痛苦，而對于多數做輸尿管軟鏡的病人而言，通常不會表現為太痛苦。而且軟鏡可以重復做，不會造成不可逆的嚴重后果，適合于輸尿管結石的治療。