甲狀腺過氧化物酶陽性可以診斷自身免疫性甲狀腺炎等疾病。甲狀腺過氧化物酶陽性在使用干擾素、白介素-2等藥物時，可能出現甲狀腺功能異常的危險因素，還有陽性時在使用胺碘酮治療期間，可能出現甲減的危險因素。過氧化物酶陽性是妊娠流產和體外受精失敗的危險因素。假如不是妊娠期，單純的過氧化物酶高要結合甲狀腺功能。甲狀腺功能正常可以不需要治療，只是提示可能存在自身免疫性甲狀腺炎，假如是妊娠期陽性也要結合甲狀腺功能，可能需要使用左甲狀腺素鈉治療來改善它的預后，防止流產。