引起肛門疼痛的病因較多且復雜，包括肛裂、痔瘡等疾病，具體如下：1、肛裂：肛裂是以疼痛為主要癥狀的肛腸疾病，其主要表現為肛門局部的梭型潰瘍，多是陳舊性潰瘍。排便時，潰瘍與肛門括約肌相互刺激，導致患者出現抽搐樣疼痛。典型肛裂會有周期性疼痛，排便后1-2分鐘，出現更加劇烈的疼痛，多數慢性肛裂需手術治療；2、痔瘡：靜脈曲張性外痔如有血栓形成，肛門旁出現花生米大小的組織包塊，會產生疼痛，部分患者出現嚴重疼痛，靜脈曲張性外痔出現的血栓，稱為血栓性外痔。此外內痔脫出伴血栓形成，也會出現嚴重疼痛，此時肛門出現充血水腫的團塊；3、肛門膿腫：患者出現劇烈疼痛，且持續性加重，一般第三天達到頂峰。肛門旁的硬結逐漸擴大，出現紅腫熱痛表現，其表面可能有波動感，嚴重患者伴有發燒；4、其他：除上述常見疾病外，可能單純以疼痛為主要表現的會陰痛或者肛門疼痛，也是導致肛門疼痛的原因，稱為功能性疾病。對于此些功能性疾病，目前尚在研究過程中，如引起會陰部疼痛的功能性疾病，稱為盆腔痛，其疼痛的具體機制還有待進一步研究。