肛門疼痛時要先尋找導致疼痛的原因，一般炎癥性疾病是導致疼痛的最重要表現，比如肛周膿腫、肛瘺、肛裂等不同疾病，疼痛的性質也略有差別，治療的方法也會有所不同，具體如下：1、肛瘺：疼痛相對較輕，但是會在肛門口出現一個遷延不愈、反復發作的肛周膿腫，這種情況只有將瘺管完整切開，使新生肉芽組織由內向外的生成，肛瘺才能治愈；2、肛裂：這種疼痛也屬于潰瘍性病變，但是肛裂本身很難自行愈合，大多都需要進行手術切除，而且肛裂疼痛較為嚴重，即便是排便結束，疼痛也會依然存在；3、血栓性痔：也會導致肛周疼痛，對于這種情況先要控制飲食，保持大便通暢，并且配合應用痔瘡的藥物，通過消腫活血的作用，痔瘡的相關表現大多可以自然消失。如果痔瘡較大，或者長時間引起局部的潰瘍、感染等，就需要進行手術治療，以緩解痔瘡帶來的肛周疼痛。