肛門疼痛的治療主要有對癥治療和病因治療，如果疼痛比較劇烈，可以口服止痛藥來減輕疼痛。具體的治療要根據病因來確定，比如肛裂，在基本的止痛治療情況下，還要用直腸黏膜保護劑，再加清洗的方法促進肛裂愈合；對痔瘡水腫，可以口服血管活性藥物減輕痔充血；如果形成血栓，要進行手術治療。根據各種不同的原因，具體用藥最好是到當地醫院，在醫生指導下進行，不要自行服用。