如果懷疑或者有相關的癥狀需要確診結腸炎，首先要選擇結腸鏡，通過對整個大腸的全結腸的結腸鏡檢查，去發現和判斷是否存在結腸炎。判斷屬于哪類的結腸炎，結腸的病變位置在哪，將問題明確后方便下一步的治療。很多結腸炎屬于慢性非特異性的結腸炎，鏡下表現即某段腸的黏膜充血水腫、血管網模糊，臨床癥狀上即有時有些腹痛、大便次數多、大便不成形等。還有腸炎較嚴重就是潰瘍性結腸炎，更嚴重的是克羅恩病，首先要明確病變的部位及嚴重程度，必要時還會取組織活檢，為進一步治療做準備。