睡眠中如果出現反復的呼吸暫停會導致體內氧氣忽高忽低，間歇性低氧對多個器官都有損害。而且因為在呼吸暫停時為自救一定要從深睡眠中醒來，因此深睡眠明顯減少，而且睡眠出現片段化。如果這樣的情況持續進行會對多個系統都造成很嚴重的傷害，甚至會出現猝死。其中心血管系統常見損害包括高血壓、心力衰竭、心律失常、冠心病、肺動脈高壓；神經系統包括腦卒中、認知功能下降、神經退行性病變；消化系統比較常見胃食管反流；內分泌系統常見損害包括肥胖、糖尿病還有血脂異常。此外，這類患者手術時麻醉風險非常高，出現窒息的可能性比較大，術后并發癥比較多。