對于腎結石，結石體積較大，通常建議患者采用微創手術的方法進行治療。如果結石的直徑在2cm以上，一般建議患者采用手術治療。常規的手術方式包括經皮腎鏡和輸尿管鏡下的鈥激光，或者氣壓彈道碎石取石術。兩種手術方式的總體住院時間，在1周到10天，包括術前檢查和術后的恢復期。一般而言，經皮腎鏡手術指從腰部建立脾腎通路，在脾腎通路之中，伸進經皮腎鏡。簡單而言就是伸進內鏡，一直到腎臟里面，直視下看到結石。之后再用鈥激光或者氣壓彈道，把結石徹底粉碎。之后通過脾腎通路，將粉碎的結石，逐漸地、逐塊逐塊地吸出。對于輸尿管軟鏡手術而言，指經尿道伸進一個鏡子到膀胱里，再經由輸尿管，一直到腎盂里面，再經由鏡子看到結石之后，采用鈥激光的光纖，將結石徹底粉碎。粉碎之后，粉碎碎末隨著輸尿管逐漸排出，上述也就是手術的兩種不同方式。