慢性骨髓炎都是由急性期的骨髓炎遷延而來，時間很長，多數全身癥狀比較輕，往往患部會有竇道，長期竇道滲出不愈合往往是就診因素。竇道往往都通達頑固性的病灶，是長期不愈合的因素。治療上首先就要查明頑固性病灶所在部位，通常通過竇道造影、CT、磁共振檢查就能明確病灶部位。在明確病灶的部位及在感染的病原體以后，根據病理學改變制定比較完善的手術方案。通過手術把里面的頑固性的病灶徹底清除，然后植入帶有抗生素的人工骨顆粒來填充死腔，多數可以徹底治愈。有些創傷性骨髓炎，可能在頑固性病灶清除以后會形成骨缺損，骨的支撐能力較差，可設法進行二期修復，現在還有先進的方法可以給一期的修復，比如做骨搬運。對于骨缺損不大或對今后負重功能影響不很嚴重的患者，給予臨時的外固定過渡期，病人逐漸都可以康復到手術前的狀況。