甲狀腺囊腫和甲狀腺結節很難明確判斷哪個更嚴重，主要是看病變的性質。一般良性的病變都可以選擇觀察等待，除非良性病變較大，形成局部的壓迫癥狀，造成局部的吞咽困難或者聲音嘶啞。對于惡性的病變，一旦明確性質，就需要進一步進行根治手術治療。對于甲狀腺癌，一般都需要進行甲狀腺的根治性切除，同時做局部區域性的淋巴結根治性清掃。在絕大多數情況下，甲狀腺囊腫是良性改變，但極少數也會發現囊腫惡變的情況。因此對于可疑的囊腫，或者比較大的囊腫、囊壁比較厚的囊腫，也會建議穿刺，穿刺囊液送病理檢查，尋找是否有癌細胞。對于甲狀腺結節，尤其是形態不規則、有鈣化點的結節，高度可疑甲狀腺癌的結節，也要進行穿刺，明確甲狀腺結節的性質，避免延誤病情，影響患者的生存期和生活質量。