功能性腹瀉有一部分是能自愈的，人體自身機能有調節作用，尤其是菌群紊亂以后，身體、腸道局部微生態會自己進行調節，但是有一部分病人不能夠自愈，要針對病因進行干預。如果菌群失調紊亂用調節菌群的藥物，比如桿菌類、真菌類、球菌類，進行口服干預效果都是不錯的。自身神經功能紊亂的病人，可以調節神經功能的藥物進行介入，都是有良好的臨床療效的。功能性腹瀉的患者有些會自己口服止瀉藥物，比如思密達也會有不錯的臨床療效。長期功能性腹瀉，建議到醫院及時就診。