功能性腹瀉的用藥，分西藥和中藥。西藥的用藥范疇都是要有指征，功能性腹瀉屬于菌群失調、菌群紊亂的患者，需要有便培養作為臨床依據，如果便培養提示菌群失調、紊亂，或者哪種菌屬有缺失，要對癥進行益生菌補充。還有一部分患者是自主神經系統失調導致腹瀉，需要進行心理測評診斷從而進行調節神經藥物介入。 中醫根據不同病因有不同的用藥，最常見的外感六淫濕邪功能性腹瀉，跟氣候、作息、居住環境都有關系。外感以濕邪多見，老百姓經常喝的一種藥為藿香正氣水，以健脾化濕祛暑為主。飲食不適導致功能性腹瀉和進食相關，最常用的是保和丸。情志不暢導致腹瀉，目前也有成藥、痛瀉藥方在藥店都能買到。長期腹瀉導致脾腎陽虛，如果單有脾氣虛、脾陽虛可以用參苓白術散，如果發展到脾腎陽虛、腰困、四肢發涼可以用四神丸，藥店可以買到。