萎縮性胃炎臨床上沒有明顯特異性，因為萎縮性胃炎是胃黏膜腺體數目的減少導致胃酸分泌不足，病人常表現為消化不良等癥狀，如上腹部疼痛、脹滿、食欲不振、胃燒心、反酸、打嗝、惡心，甚至嘔吐等癥狀。胃鏡下有萎縮性胃炎，伴有糜爛，如果糜爛重侵襲到黏膜下小血管，導致小血管遭到破壞，伴有少量消化道出血。臨床表現為黑便，即大便顏色發暗，不是黃色大便，長期少量出血導致缺鐵性貧血，這是常見的多灶性萎縮性胃炎表現。自身免疫性胃炎，除上述消化不良以及缺鐵性貧血癥狀外，還表現為惡性貧血、乏力消瘦等全身性癥狀。