肛瘺是肛門直腸周圍形成異常隧道，絕大部分肛瘺是由肛門直腸周圍感染引起的。肛腸科醫生將肛門周圍這條隧道叫做瘺管，瘺管的一端，即內口，位于肛門內，另一端指的是外口在肛旁皮膚上。絕大多數肛瘺的發生是肛腸感染所致。直腸下端和肛管交界處有8-12個像杯子一樣的肛竇，內有肛腺分布，肝腺分泌出的液體通過腺管排出到直腸下端，潤滑腸道幫助排便。可當免疫力低下合并便秘或腹瀉時，就容易造成肛腺感染，加上肛管周圍組織疏松、間隙較多，感染通過這些組織間隙向周圍擴散，侵蝕肛周正常組織，就會形成肛周膿腫。膿腫切開引流后或者是自行破潰后就會形成肛瘺。 肛管直腸瘺主要侵犯肛管，很少涉及直腸，所以常稱為肛瘺，中醫也稱為肛漏。此外，有少部分肛瘺是因為肛裂、肛門外傷、克羅恩病、腸結核等原因引起。