舌咽神經痛跟三叉神經痛用藥一樣，因為其主要是鈉離子通道興奮性明顯增高，神經活性明顯增高所引起的，因此舌咽神經痛和三叉神經痛是一樣的疼痛性質，都是刀割、閃電、針刺比較劇烈的疼痛，這種劇烈疼痛就是用鈉通道阻斷劑效果來治療，即卡馬西平，但是有些患者因為頻繁發作，也做過微創而且也治療很長時間，覺得卡馬西平吃量越來越大，一天吃三次一次吃兩片，效果都不太好時或者說更大劑量，卡馬西平最大劑量是2400mg每天，超過劑量仍然得不到有效緩解，長期吃還會引起骨髓抑制等引起白細胞問題，這時建議患者更換其它藥物，比如托吡酯或者拉莫三嗪治療頑固性舌咽神經痛。同時為了避免舌咽神經痛引起慢性化，還會給予病人鈣通道調節劑普瑞巴林，目前鈣通道調節劑普瑞巴林也都作為舌咽神經痛和三叉神經痛的一線用藥，因為有時確實用卡馬西平止不下來時，需要用到鈣通道調節劑，同時調整好病人情緒，避免病人處于抑郁、焦慮狀態，因為痛的太劇烈病人往往就會恐懼，猶如驚弓之鳥，因此這種情況下可能要用到度洛西汀，通過SNRI這種5-羥色胺去甲腎上腺素再攝取抑制劑，達到改正病人焦慮或者抑郁情緒的目的。