衣原體肺炎是指衣原體引起的肺部感染。衣原體引起的肺部感染稱為非典型肺炎，其不是典型病原體。因為衣原體是一類特殊細胞內感染病原體，和通常細菌和病毒有差異，和支原體感染、支原體肺炎非常類似。從臨床表現和影像學上幾乎沒辦法將兩者區分開，主要通過實驗室檢測，即微生物培養和血清抗原抗體檢測進行區分。其治療方法在藥物上基本一致，主要通過喹諾酮類和大環內酯類藥物治療。需要注意的是在中國目前流行病學調查中，衣原體對常用大環內酯類藥物，即阿奇霉素耐藥率非常高，已經不作為成人治療首選用藥，但兒童因為用藥受到其他限制，還是常用藥物。