肛瘺根治性手術跟肛瘺、肛周膿腫的一次性根治手術類似。根治性手術的核心內涵是要找到感染源頭，即原發性內口在哪個肛竇的位置，這是治療成敗的關鍵。只要準確找到原發性內口并加以處理，保持創面通暢引流，肛瘺就能一次性根治。所以每個肛瘺患者，包括醫生、患者，都很關心內口的位置。通過單純的直腸指檢，沿瘺口瘺管去摸，看它前行的方向是往肛管前方、往肛管后方，還是左側或者右側前行。另外也可通過影像學檢查，比如盆腔MR，查看感染范圍，瘺管走行方向跟哪個肛瘺有密切聯系。術中也可通過探針探查在瘺口、瘺外口的位置，通過探針深入瘺管，查看瘺管走形方向。還可在瘺口里置管，打雙氧水或者染色劑，看它能不能在原發性內口，即肛竇里有染色劑冒出。通過這些辦法，明確內口所在位置，為根治性手術，提供基礎條件。