一般情況下，肛瘺可以根治，找到正確的內口，內口處理也很正確，肛瘺就會治愈。如果肛瘺未治愈，可能殘留支管，或者找的內口位置不對，就不會治愈。所以只要是采用正確的治療方法，一般肛瘺可以治愈。 當然也有所謂的復雜性肛瘺，很多情況下可能還潛在的其它的病，比如最常見炎性腸病克羅恩病，往往在肛門周圍形成各種復雜的瘺管，這些瘺管往往不能徹底治愈，即使通過手術方法，可能也長不好。這種情況下，需要治療原發病，使肛瘺達到比較好的愈合狀態。