牙齦萎縮的原因主要是兩大方面，一種是生理性萎縮，一種是病理性萎縮。其中生理性萎縮，主要是由于隨著年齡的增長，各個器官功能衰退在牙齦系統中的表現而已，此種萎縮大部分或者全口牙齒的牙齦和牙槽骨發生萎縮。臨床工作中最多的萎縮是病理性萎縮，病理性萎縮有炎癥性和機械性牙齦萎縮。炎癥性牙齦萎縮包括牙周炎、錯頜畸形、唇系帶附著位置過高、正畸牙齒移動過快、過大咬合力、不良修復體、不良充填體，這種牙周炎是最常見的。機械性牙齦萎縮，主要是由于不正確的刷牙方式，暴力刷牙或者不正確牙線使用方法造成。