復雜性肛瘺手術后使用中藥泡洗是傳統中醫的一種特色治療方法，目前已經沿用了幾百甚至上千年，此種方法現在仍然得到較廣的使用。不同病人根據自身的體質，可能需要配置相應的藥物。一般科室主張泡藥物5-10分鐘。如果病人感覺到舒適，也可以靈活進行掌握，進行延長相應時間，可以調整為10-20分鐘。較多病人使用藥物以后可以感覺到肛門的疼痛感相比以前會大大減輕，另外通過藥物亦可以起到促進愈合、減少出血、消除水腫的作用。