小腸克羅恩病最常見的癥狀就是腹瀉、腹痛，腹痛一般在餐后比較明顯，疼痛的位置常位于臍周以及右下腹，便后可以出現一些緩解。小腸穿孔在克羅恩病的發生比例相對來說是比較高的一種情況，病人會出現突發性的腹痛、腹肌緊張以及發燒的癥狀，需要及時去醫院進行就診，進行X線片檢查。X線下可以看到腹腔有游離性氣體，通常需要急診手術治療。此外，克羅恩病可能合并有貧血的癥狀，病人可能出現乏力、精神萎靡的癥狀。除此之外，克羅恩病還會伴有一些腸道外的癥狀，比如關節炎。