小腸發炎與大腸發炎有時不易區分，均可表現為腹痛、腹瀉、黏液膿血便、大便中出現紅、白細胞，嚴重時也可發燒、腹脹。大腸炎癥排便次數相對較多、量較少，大便中內容物較少；而小腸炎癥大便量少、次數多。小腸發炎出現炎癥或出血，需要在腸道中經過一段時間才能排出，所以一開始大便不會表現為鮮紅。不論小腸或大腸疾病，均需通過檢查診斷，如進行B超或CT檢查，進而發現腸壁增厚、水腫，明確屬于小腸炎癥還是大腸炎癥。腸道屬于管狀結構，可通過CT檢測腸壁厚度，從外部尋找病因；也可通過內鏡進行檢查，如大腸可通過大腸鏡檢查，小腸可通過小腸鏡檢查，膠囊內鏡也可檢查小腸病變。