CT與磁共振，雖然圖像比較類似，但成像原理、方法完全不同，檢查時應根據自身情況選擇。CT是通過組織對高能X射線的吸收差異、密度差異，利用計算機成像獲取圖像；磁共振是通過磁場、組織釋放的氫原子振動從而獲取影像。 CT與磁共振檢查的側重點有所不同，如肺部病變，利用CT檢查優勢較大，掃描速度快、圖像清晰；磁共振檢查肺部。由于肺部含有空氣，水分子較少，共振氫離子少，成像模糊，而磁共振對軟組織的檢查具有很大優勢。