大部分情況下，核磁共振比CT更準確，因為磁共振是三維立體結構，所以對于任何病變顯示較好。其次它的分辨率比CT高，且對于組織內容的檢查不受骨頭偽影的影響，所以對于顱腦里的結構顯示比CT清楚。但是CT也有自身優勢，即起效比較快，對于出血性疾病，尤其是急性出血，CT比核磁共振準確。核磁共振對于陳舊性出血分辨率高，但對急性出血以及不同時段的出血，分辨率即表現也完全不同。