腦功能MRI成像其實是基于BOLD效應的一種檢查成像腦功能，反映的是腦逐步的血液動力學的變化。目前做的腦功能成像主要有波譜、灌注成像等，用于檢查腫瘤、梗塞、腫瘤預后、腫瘤治療以后復發、腫瘤肉芽組織間的鑒別等。 很多疾病在血流方面有變化，尤其是惡性腫瘤，惡性腫瘤血供豐富。因為腦功能成像就是觀察血流動力在病灶不同時間的變化，所以對腫瘤的鑒別評價和腫瘤治療預后的評價都有幫助，如代謝性腦疾病等。