現在大便出血檢查都較先進，大便出血包括上消化道及下消化道、肛門疾病，最常見的是胃鏡、電子結腸鏡、肛門指診及肛腸鏡。這些檢查都無損傷，檢查起來較方便，并且診斷率較高。胃鏡主要是診斷胃、十二指腸、膽道有沒有出血及出血原因；結腸鏡的檢查就檢查結腸的病變，包括克羅恩氏病、結腸息肉、炎癥、腫瘤；肛門鏡與直腸指診只能查肛管周圍病變，如痔瘡、肛裂。通過這些檢查，基本就能明確診斷大便出血的原因，并進行相應的治療。