巧克力囊腫手術最佳時間，目前沒有一個明確的定論，要結合病人情況而定。如果是沒有生育的卵巢巧克力囊腫的腹腔鏡手術最佳時間，只要躲開月經期就可以；當然這些患者往往合并有不孕方面的檢查，最佳時間是在月經干凈的3-7天。因為月經干凈3-7天，這時對于一個不孕患者評估不孕的原因，做輸卵管的檢查以及宮腔的檢查很有必要。合并卵巢巧克力囊腫，在剝除囊腫腹腔鏡手術的同時做一個不孕方面的檢查，比如宮腔鏡下的宮腔不孕評估，以及雙側輸卵管通暢的試驗，而且這個時間最佳。