巧克力囊腫腹腔鏡手術的危險相對較小，具體如下： 1、麻醉風險； 2、術中可能牽扯到出血，出血多有可能出現休克，危及生命； 3、如果患者的解剖位置及解剖關系的變異，腹腔鏡手術術中是需要中轉的； 4、術中還可能發生血管、神經以及相應的鄰近器官的損傷，比如巧克力囊腫旁邊是子宮，毗鄰的器官有血管、膀胱、腸管，這些都有可能發生損傷； 5、腹腔鏡手術雖然是微創的，但是也有切口，切口的并發癥包括出血、血腫、脂肪液化、感染、愈合不良等； 6、術后可能會出現腸麻痹、腸梗阻； 7、呼吸道的并發癥，比如肺部感染、肺部不張、胸腔積液、氣胸等； 8、循環系統容易出現的心律失常、心肌梗塞、心力衰竭、心跳驟停； 9、泌尿系統出現尿路感染、膀胱麻痹、尿潴留等； 10、腦血管意外、癲癇、血栓性靜脈炎以及肺栓塞等情況都可能發生。 這些嚴格意義上來講是小概率事件，遠遠小于日常發生的交通事故的概率。