巧克力囊腫病人在進行手術時，通常需要采用全麻的手術方式，沒有任何知覺，因此不會感到疼痛。但是術后由于麻醉藥物藥力逐漸減弱，直至消失，病人可能感覺到腹部微創的切口出現不適感。另外，因為腹腔鏡手術中需要向腹腔內打氣，術后氣體在腹腔內具有逐漸吸收的過程，部分病人可能會出現小腹不適、肩部酸脹、胸腹部腹脹等，通常在術后24小時能夠自行消失。部分巧克力囊腫病人，合并盆腔深部內異癥，包括直腸粘連、膀胱粘連，以及輸卵管粘連等，需要進行盆腔粘連分解，因此手術創面較大，而且術后盆腔充血，可能會增加術后痛感。此時病人需要進行藥物治療，進一步減輕盆腔疼痛感。