骨髓炎如果能夠得到早期診斷，選擇合適手術和抗生素進行治療，可以取得良好效果。如果病程到慢性骨髓炎后，很難徹底根治，患者全身癥狀雖然消失，但骨內仍有一處或多處膿性物、感染性肉芽組織和死骨病灶，在許多年內可間斷出現感染急性發作，休息和抗生素治療常有效，根治一般需要徹底外科手術清創、無效腔處理，聯合有效抗生素治療。慢性骨髓炎病人往往合并多發疾病、免疫缺陷，治療方法選擇必須根據患者具體情況進行個體化評估，慢性骨髓炎有發生惡變風險，但發生率較低。