小兒腹瀉的原因可歸納為非感染性與感染性。常見非感染性原因主要有： 1、小兒消化系統發育不成熟，胃酸和消化酶分泌少，消化酶活性低，承受不了食物中質和量的較大變化； 2、飲食不當或喂養不當均可以引起腹瀉，夏天給小兒斷奶或者突然改變飲食內容等都可以造成腹瀉； 3、氣候變化比如受涼可以引起胃腸功能紊亂，腸蠕動增加引起腹瀉，氣候炎熱和穿著過多可使胃酸及消化酶分泌減少導致消化不良引起腹瀉； 4、食物過敏，如果父母有相關食物的過敏史，應避免兒童進食此類食物，如果進食可能出現除皮疹以外的消化系統癥狀如腹痛、腹瀉，嘔吐等； 5、嬰兒期頑固性腹瀉，應警惕代謝性疾病如先天性甲狀腺功能亢進等； 6、炎癥性腸病包括潰瘍性結腸炎和克隆恩氏病。 感染因素主要有腸道內的感染如細菌、病毒、寄生蟲等隨食物進入消化道進行繁殖，引起消化道感染，出現腹瀉；腸道外的感染，小兒患有肺炎、上呼吸道感染、胃炎等疾病時受病原體毒素影響，使消化液分泌減少，腸蠕動增強而導致腹瀉。長期使用抗生素導致菌群失調，破壞了腸道正常菌群，也可以引起腹瀉。