造血干細胞移植是血液科的一種特殊治療方法，適應癥比較廣泛，在血液科和其它實體瘤或其它結締組織病都可以適應。血液科適應癥是血液科的一些惡性疾病，如惡性淋巴瘤、多發性骨髓瘤、慢性粒細胞白血病、骨髓增生異常綜合征等血液科的一些惡性疾病。 其它的是血液科少見的一些疾病，如再生障礙性貧血，如果年齡合適，少于45歲，也可以做異基因干細胞移植。像風濕免疫科疾病、系統性紅斑狼瘡。如果難治性，單純免疫抑制劑控制效果不佳，副作用比較多，如果有合適的供者，也可以做異基因干細胞移植。還有一些實體瘤，如最早以前一些肺癌等，也可以做異基因干細胞移植。但是隨著這些年來一些靶向藥物的應用，做移植的越來越少，其它的實體瘤，但是血液做移植效果還不錯。造血干細胞移植的適應癥其實還有一些，如兒科遺傳性疾病，如貧血、地中海貧血，也可以用臍血或供者異基因干細胞移植，這些治療效果也都很好。