艾滋病后期的癥狀主要是指艾滋病晚期，艾滋病晚期已經出現免疫缺陷的表現，也就是病毒載量較高，CD4細胞水平較低，這就是免疫缺陷階段。免疫缺陷階段就容易出現機會性感染。對正常人群不致病的病原體，如肺孢子菌、結核桿菌、巨細胞病毒，其對正常人可能沒有致病性，可以與病原體處于平衡狀態，而不出現癥狀。 在免疫缺陷人群也就是艾滋病晚期，就會出現相關的器官損傷，比如肺孢子菌肺炎，可以有咳嗽、呼吸喘憋，甚至呼吸衰竭，比如隱球菌引起的腦炎會有發熱和劇烈頭痛。還有弓形蟲腦病，弓形蟲腦病表現出肢體癱瘓，一側肢體偏癱，做CT會看到顱內會有占位性病變。還有巨細胞病毒，巨細胞病毒在正常人可能不引起癥狀，但是在艾滋病晚期人群就會出現視網膜炎、腸炎、肺炎等，以及艾滋病晚期可以合并淋巴瘤、卡波西肉瘤等惡性腫瘤，這些在免疫力正常的人可能都不會出現，但是在艾滋病晚期的患者就可出現。